Để đáp ứng nhu cầu nguồn nhân lực phát triển giao thông vận tải, bưu chính, viễn thông của các tỉnh phía Nam, Nhà trường đã đề nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép thành lập Cơ sở II Trường Đại học Giao thông Vận tải tại TP. Hồ Chí Minh. Bằng sự cố gắng, nỗ lực của lãnh đạo và các thầy cô giáo trong việc chuẩn bị những điều kiện cần thiết, ngày 27/4/1990, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ký quyết định số 139/TCCB thành lập Cơ sở II của Trường đặt tại Thủ Đức – TP. Hồ Chí Minh (Nay là số 450 – 451, P. Tăng Nhơn Phú A, Quận 9, TP. HCM).
Ba mươi năm qua là một chặng đường đầy vẻ vang và đầy tự hào của các thế hệ Thầy giáo, Cô giáo, Cán bộ và Sinh viên của Nhà trường. Vượt qua gian khổ, Thầy và Trò Nhà trường đã xây dựng lên truyền thống tốt đẹp: Đoàn kết – Sáng tạo – Chất lượng, tạo dựng hình ảnh của Cơ sở II, một cơ sở giáo dục đại học có uy tín trong đào tạo và nghiên cứu khoa học, một địa chỉ tin cậy của người học và toàn xã hội; góp phần quan trọng trong sự nhiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Cơ sở II đã được Đảng, Nhà nước trao tặng những phần thưởng cao quý: Huân chương lao động hạng Nhất (2010), hạng Nhì (2005), hạng Ba (2000), Bằng khen của Thủ tướng, Cờ thi đua của Chính phủ…Với những thành tích đáng tự hào đó, ngày 15/07/2016, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ký quyết định số 2419/QĐ-BGDĐT thành lập Phân hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tại TP.Hồ Chí Minh.
Nhân kỷ niệm 30 năm thành lập chúc Phân hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tải tại Thành phố Hồ Chí Minh tiếp tục phát triển rực rỡ và thành công hơn nữa !